Eupalinoksen vesitunneli on erityisen pitkä tunneli, joka toimii tänään suosittuna nähtävyytenä. Eupalinoksen vesitunneli on ollut olemassa antiikin ajoilta, ja juuri sen historia tekee siitä niin puoleensavetävän nykyajan turistien keskuudessa. 500-luvulta eaa. peräisin oleva tunneli rakennettiin silloin hallinneen tyranni Polykrateksen vuosina, ja sillä on pituutta uskomattomat 1 036 metriä.

Tunnelia verrataan usein maailman suurimpiin ihmeisiin, ja epäilemättä se ansaitsisikin paikan niiden joukossa. Rakentamisensa aikana tunnelia kaivettiin molemmista päistä yhtä aikaa, ja kaksi aukkoa kohtasivat keskivaiheilla. Kyseisenä ajankohtana maanmittaus- ja kartoitustekniikka oli luonnollisesti varsin rajallista, ja juuri se tekeekin urakasta uskomattoman insinööritaidon näytteen. Maailmassa on vain kaksi tunnelia, jotka on rakennettu kahden suuaukon menetelmällä, ja tämä on niistä toinen.  

Tunneli kaivettiin Kastro-vuoren lävitse Pythagorionin asukkaiden juomaveden saannin turvaamiseksi. Kaupunkia asuttivat aikoinaan Samoksen johtajat, ja se toimi saaren pääkaupunkina. Arkeologit ovat saaneet selville, että tunneli oli käytössä noin 1 000 vuotta mutta jäi sitten unholaan ja löydettiin uudelleen 1900-luvun lopulla.

Vesitunnelin sijaintipaikkaa on vaikea löytää, sillä se nimenomaan suunniteltiin alun perin siten, että Samoksen vihollisten olisi vaikea löytää vesitunnelia ja katkaista pääkaupungin vedensaantia konfliktien aikana. Eupalinoksen vesitunneli on yksi Kreikan suurimmista insinööritaidon ihmeistä, vaikka kahden suuaukon kautta kaivetun tunnelin käytävät eivät luultavasti kohdanneetkaan suunnitelmien mukaisesti aivan vuoren keskellä.

Tunnelin rakentaminen kesti 10 vuotta, ja pääinsinöörinä toiminut Eupalinos käytti uskomattoman urakan työläisinä Lesboksen saarelta tuotuja orjia. Liput tunneliin maksavat 6 €, ja ne voi ostaa osoitteessa Ephorate of Antiquities of Samos, Plateia Dimarhiou, Samos, 83100 toimivasta museosta. Alennetut liput, esimerkiksi eläkeläisille, maksavat 3 €, ja sisäänpääsy on ilmainen vuoden aikana useanakin päivänä.

Syyskuun viimeisenä viikonloppuna, joka tunnetaan Kreikassakin ja kulkee nimellä Euroopan kulttuuriperintöpäivä eli European Heritage Days, museoon ja tunneliin pääsee ilmaiseksi. Pääsy on ilmaista myös Kansainvälisenä monumenttien päivänä eli International Monuments Day:nä (18.huhtikuuta) sekä Kansainvälisenä museopäivänä, International Museum Day:nä (18. toukokuuta). Sisälle pääsee maksutta myös kaikkina Kreikan kansallisina juhla- ja pyhäpäivinä.

Tunnelissa tehdään parhaillaan korjaus- ja restaurointitöitä, ja niiden aikana nähtävyys pysyy suljettuna turisteille.