Το Ευπαλίνειο Όρυγμα αναφέρεται και ως η Σήραγγα του Ευπαλίνου, αφού, σε τελική ανάλυση, είναι ένα πολύ μακρύ τούνελ και σήμερα, ένα δημοφιλές αξιοθέατο. Το Ευπαλίνειο Όρυγμα είναι αρχαίο, και είναι η ιστορία του που το κάνει τόσο ελκυστικό στους τουρίστες αυτή την εποχή. Κατασκευασμένο κάποια στιγμή τον 6^ο π.Χ. αιώνα από τον τύραννο Πολυκράτη, η σήραγγα έχει το απίστευτο μήκος των 3,400 ποδών.

Έχει συγκριθεί ευρέως με τα μεγαλύτερα θαύματα του κόσμου και σίγουρα θα άξιζε μια θέση μαζί με αυτά. Κάτα την κατασκευή της, η σήραγγα διανοίχτηκε και από τα δυο άκρα που συναντήθηκαν στη μέση. Οι διαδικασίες τοπογράφησης και χαρτογράφησης ήταν περιορισμένες εκείνη την εποχή, κάνοντας αυτή την σήραγγα ένα εντυπωσιακό επίτευγμα μηχανικής. Υπάρχουν μόνο δυο σήραγγες στον κόσμο που κατασκευάστηκαν με δυο ανοίγματα, αυτό το υδραγωγείο είναι το ένα από αυτά.

Η σήραγγα διανοίχθηκε μέσα στο όρος Κάστρο, κατά τέτοιο τρόπο ώστε οι κάτοικοι του Πυθαγορείου να έχουν συνεχή παροχή φρέσκου νερού. Η πόλη κάποτε ήταν ο τόπος κατοικίας των κυβερνόντων της Σάμου και η πρωτεύσουσα του νησιού. Οι αρχαιολόγοι έχουν ανακαλύψει ότι η σήραγγα χρησιμοποιήθηκε για περίπου 1000 χρόνια μέχρι την απενεργοποίησή της και πριν την ανακάλυψή της τον 19^ο αιώνα.

Το υδραγωγείο είναι δύσκολο να εντοπιστεί καθώς το αρχικό σχέδιο ήταν να κατασκευαστεί με τέτοιο τρόπο ώστε να είναι δύκολος ο εντοπισμός του από τους εχθρούς, σε καιρούς πολέμου, και άρα εξασφαλισμένη η παροχή νερού για τους κατοίκους. Η σήραγγα είναι ένας από τους μεγαλύτερους θριάμβους της μηχανικής της αρχαίας Ελλάδας, ακόμα και αν η διάνοιξη με τα δυο στόμια, αρχικά, απέτυχε να ενωθεί στη μέση, όπως είχε σχεδιαστεί.

Η διάνοιξη της σήραγγας χρειάστηκε 10 χρόνια για να ολοκληρωθεί και ο αρχιμηχανικός Ευπαλίνος χρησιμοποίησε αιχμαλώτους από το νησί της Λέσβου για να κατασκευάσει αυτό το μνημειώδες επίτευγμα. Τα εισιτήρια κοστίζουν 6€ και είναι διαθέσιμα στο μουσείο της Εφορείας Αρχαιοτήτων της Σάμου, Πλατεία Δημαρχείου, Σάμος, 83100. Ισχύουν μειωμένες τιμές για ηλικιωμένους και τους δικαιούχους στα 3€ και υπάρχουν αρκετές μέρες τον χρόνο που η είσοδος είναι δωρεάν.

Το τελευταίο σαββατοκύριακο του Σεπτεμβρίου, γνωστό σε όλη την Ελλάδα και ως η Ημέρα Ευρωπαϊκής Κληρονομιάς, η είσοδος στο μουσείο και τη σήραγγα είναι δωρεάν. Δωρεάν, είναι, επίσης, και στην Παγκόσμια Ημέρα Μνημείων (18 Απριλίου) και στην Παγκόσμια Ημέρα Μουσείων (18 Μαΐου). Τέλος, δωρεάν είσοδος παρέχεται και σε όλες τις εθνικές εορτές της Ελλάδας.

Η σήρραγα αυτή τη στιγμή βρίσκεται υπό επισκευή και αποκατάσταση και κατά τη διάρκεια αυτών των εργασιών θα παραμείνει κλειστή για το κοινό.